冯其庸在国专读书期间，中国的历史正处于风云际会的重要阶段。受到进步思想启蒙的冯其庸，积极追求真理，拥护共产党，热情投身于反独裁的学生运动，成为学生运动的代表人物。教授中个别老国民党员主张开除他，但多数教授认为冯其庸成绩优秀不能开除。冯其庸受到记过处分，虽多科成绩名列前茅，操行等第却降为“丙”。1947年底，冯其庸的处境更危险，在王蘧常等教授的帮助下，他转到无锡国专上海分校学习，免遭国民党逮捕。

1948年12月冯其庸从无锡国专毕业，被前洲树德小学校长孙默军（地下党负责人）聘为教师。1949年2月，堰桥胶南中学教师、地下党员章振之奉命去常州筹备迎接解放事宜。孙默军校长即与胶南中学校长孙荆楚（进步人士）联系，委派冯其庸去胶南中学接任章镇之的课务。1949年4月22日夜，冯其庸率部分进步学生在锡澄路上迎接过江解放军，并随之进入无锡城。次日，经中共地下党员冯励青的介绍，冯其庸参加了解放军，被编入苏南行政公署教育处。9月，冯其庸回到教育岗位，任教于无锡第一女子中学，教授语文和政治，后任教导处副主任。1950年他加入了中国共产党，当选为无锡市人大代表。